V průběhu studia mají studenti možnost studovat následující volitelné předměty: latina, italština, ruština, konverzace v jazycích, dějiny umění, dějiny věd, semináře z odborných předmětů, literatury, dějepisu a další...

V humanitní třídě je pro všechny povinná angličtina, k tomu pro polovinu třídy němčina, pro druhou francouzština. Ve vyšších ročnících je pro všechny povinná latina. Pokud je dostatečný počet žáků, kteří mají odpovídající jazykové znalosti, jsou zřízena oddělení s návazností na výuku ZŠ.

V přírodovědné třídě se povinně vyučují angličtina a němčina. Ve vyšších ročnících je povinná volba mezi latinou a deskriptivní geometrií (na poloviny).

Koncepce tohoto studia je vytvořena ve spolupráci Gymnázia Jana Nerudy, Hudební školy hl. města Prahy a pedagogů Hudební fakulty AMU. Vychází z dosavadních zkušeností s hudebním studiem na Gymnáziu Jana Nerudy. Studium je koncipováno pro takový typ uchazeče, který v daném věku projevuje nadprůměrný až výjimečný talent a bez nadměrného úsilí úspěšně zvládá nároky základní školy. Posláním nového typu studia je poskytování hlubšího všeobecného vzdělání budoucím hudebníkům a naopak hlubšího hudebního vzdělání budoucím vysokoškolákům nejrůznějšího profesního zaměření. Z ambivalence tohoto poslání vychází jednotný učební plán pro první stupeň studijního cyklu i diferenciace učebních plánů pro druhý stupeň studia.

V prvním stupni osmiletého studijního cyklu - od primy do kvarty - probíhá výuka vždy ve dvou paralelních třídách (pouze administrativně rozdělených) o patnácti až osmnácti studentech se shodným učebním plánem, podle kterého je hodinová dotace ve všech povinných všeobecně vzdělávacích předmětech neredukována (generalizovaný učební plán MŠMT ČR osmiletých gymnázií), ve skupinové hudební výchově rozšířena o výuku hudební nauky, intonace, rytmu a zpěvu z listu a navíc rozšířena o individuální nástrojovou výuku v rozsahu dvou až tří vyučovacích hodin týdně, od tercie výše pak ještě pro všechny neklavíristy o hodinu klavírního praktika týdně.

V druhém stupni studia - od kvinty do oktávy - jsou studenti předchozích dvou paralelních tříd (kvart) znovu rozděleni na základě zkoušek.

Speciální hudební třída, o maximálně patnácti studentech, kde jsou při částečné redukci všeobecně vzdělávacího učiva stanoveny nároky zhruba prvních čtyř ročníků konzervatoře, hodinová dotace individuální výuky v průměru čtyři vyučovací hodiny týdně a kde povinnými maturitními předměty jsou čeština a angličtina, volitelnými maturitními předměty jsou hra na nástroj, hudební teorie a dějiny hudby.

Všeobecná hudební třída, o přibližně osmnácti studentech, bez jakékoli redukce povinných všeobecně vzdělávacích předmětů, s rozšířením učebního plánu o hodiny individuální hudební výuky, komorní a orchestrální hru a o výuku hudebně teoretických disciplin a dějin hudby.

Od kvinty po septimu mohou být obě diferencované třídy prostupné za podmínky úspěšného vykonání příslušných rozdílových zkoušek na eventuální volná místa v daných třídách.

Cílem celého výukového programu je příprava maturantů pro přijetí na vyšší nebo vysoké školy hudebního zaměření (vyšší ročník konzervatoře, HAMU, hudební věda, pedagogické fakulty) i pro přijetí na kteroukoli jinou vysokou školu.

Materiální podmínky výuky jsou zajištěny tak, že veškerá, t.j. všeobecně vzdělávací i speciální hudební výuka probíhá v rekonstruovaných a nově vybavených prostorách školy na Komenského náměstí 9, v Praze 3, kde je kromě příslušných učeben koncertní sál, dále komorní sál, nahrávací studio, cvičební místnosti, plavecký bazén a rehabilitační centrum. V témž areálu je umístěna školní jídelna.

Personální zajištění hudební výuky zprostředkovává Hudební škola hl. m. Prahy. Výuka hudebně teoretických předmětů ve speciální hudební třídě byla koncipována a je vyučována pedagogy Hudební fakulty AMU, v předmětech individuální hudební výuky vyučují nejzkušenější učitelé Hudební školy hl.m. Prahy a také učitelé HAMU, konzervatoří či instrumentalisté předních pražských orchestrů.